За 11 лет работы в этом учреждении она проявила себя как высококвалифицированный педагог и наставник, имела заслуги в области воспитательной деятельности, подготовила целую плеяду профессиональных работников, специалистов по работе с детьми с отклонениями в психическом развитии. Этому способствовали два высших базовых образования (преподаватель английского языка ДГПИ и специалист-дефектолог Московского педагогического института). На тот момент Мисиду Юнусовна была одной из первых в Дагестане, кто имел специальное образование по работе с коррекционными детьми.
В 1994 году, когда в России происходили социальные и экономические катаклизмы, связанные со сменой политического курса власти, решением Министерства образования РД, как опытного, высококвалифицированного специалиста, М.Ю. Магомедову назначили директором Детского дома города Каспийска.
Ситуация в учреждении была критическая: здание ветхое и разрушающееся, не было в детском доме даже функционирующего санузла, отопительная система вышла из строя, не работала электропроводка. Двор являл собой унылую картину полного запустения, отсутствовал забор, внутреннее убранство было убогим, и все это на фоне протекающей крыши.
20 детей-сирот с проблемами в умственном развитии не получали должного ухода и специального обучения.
В течение одного месяца М.Ю. Магомедова укомплектовала 9 групп (98 детей): она выезжала в города республики с медико-педагогической комиссией, которая отбирала коррекционных детей в специальных учреждениях. Был решен и кадровый вопрос – набраны специалисты, добросовестные педагоги, был организован и запущен учебный процесс. Мисиду Юнусовна разработала и опубликовала специальные программы по коррекции и воспитанию проблемных детей, деятельность педагогов была направлена на выработку в них элементарных норм поведения и развитие трудовых навыков.
Через год усиленной работы были решены проблемы с отоплением, построен забор, облицованы санузлы, заменены двери и окна, произведен капитальный ремонт здания, восстановлена система водоснабжения и отопления. Во дворе детского дома был разбит сад и построена детская площадка. С помощью спонсоров дети были обеспечены одеждой, игрушками, учебниками, была создана библиотека.
Постепенно жизнь в Доме стала налаживаться, воцарилась атмосфера уюта и тепла. Работа коллектива была слаженной и плодотворной. Для достижения целей по реабилитации, социальной адаптации детей-сирот и интеграции выпускников в общество была разработана целевая Программа. Реализуя эту Программу, коллективу Детского дома удалось найти способы применения в своей работе компенсации семейных социальных условий, в которых должен жить каждый ребенок.
Сегодня в каждой группе этого учреждения создано все необходимое для нормального развития воспитанников. Разработан план мероприятий, нацеленных на усвоение поведенческих норм, большое внимание уделяется досугу детей. В Доме функционируют восемь кружков по интересам, в том числе кружок художественной самодеятельности, спортивный, изобразительных искусств, бисероплетения, которые способствуют развитию творческих и физических способностей детей с отклонениями в психическом развитии. Особое место в жизни Детского дома занимает организация и проведение праздников, вечеров отдыха, экскурсий, походов, приобщение к искусству театра, кино, живописи, встречи с интересными людьми – военными, ветеранами, поэтами, меценатами. Этот комплекс специально разработанных мероприятий позволяет решать проблемы, связанные с формированием гражданской позиции, привитием любви к родному краю, развитию креативных способностей.
Работа руководителя Детского дома М.Ю. Магомедовой была оценена на государственном уровне и отмечена признанием Уполномоченного по делам ребенка при Президенте РФ П.А. Астаховым в 2010 году.
Высокая оценка деятельности руководителя Детского дома была дана Министерством образования РД по результатам проведенных мероприятий, Советом директоров коррекционных учреждений Дагестана, а также представителями Правительства республики, которые посетили учреждение с целью ознакомления с условиями жизни детей-сирот в Детском доме.