Освоение капитальных вложений по водохранилищу Ирганайской ГЭС началось в 1982 году, однако сумм, выделенных на компенсационные мероприятия, было недостаточно. Ограниченное финансирование привело к увеличению срока строительства, что, в свою очередь, привело к дополнительным затратам, связанным с увеличением численности переселяемого населения. Всего с 1982 по 2011 год компенсации или новые жилые дома получили около тысячи семей.
Жители двух районов республики жалуются, что компенсации выплатили не всем потерпевшим.
Отмечается, что вопросы компенсаций жителям района, пострадавшим в результате затопления Ирганайской ГЭС, находятся в компетенции федеральных властей. Представители власти заявляют, что все обязательства перед жителями двух районов будут выполнены.