Около 23.30 к дому № 29 по проспекту Акушинского, где было выставлено первое внешнее кольцо оцепления зоны контртеррористической операции (КТО), подошел человек, оказавшийся террористом-смертником. Он попытался
пройти сквозь кольцо оцепления, однако был остановлен милиционером, после чего направился к группе стоявших милиционеров и привел в действие взрывное устройство в виде «пояса шахида».
В результате взрыва пострадали 26 человек, в том числе 13 сотрудников правоохранительных органов, которые с тяжелыми ранениями были госпитализированы.
По данному факту возбуждено уголовное дело по признакам преступлений, предусмотренных ст. 317, ч.3 ст. 30 пп. «а,е», ч.2 ст. 105, ст. 222, ст. 223, ст.205 Уголовного кодекса РФ (посягательство на сотрудников правоохранительных органов, покушение на убийство, незаконное изготовление и оборот оружия, террористический акт).
Во время эвакуации жителей близлежащих домов блокированные боевики открыли огонь и бросили несколько гранат. Спасая мирных жителей, погибли два бойца спецподразделений. Спецоперация была приостановлена до утра.
К вечеру 24 сентября активная фаза спецоперации была приостановлена до наступления светлого времени суток, подразделения правоохранительных органов оставались на своих позициях.
К вечеру 25 сентября в результате спецоперации в Махачкале были уничтожены четыре предполагаемых боевика. Личность одного из убитых боевиков установлена. Это лидер одной из диверсионно-террористических групп, действующих на территории Махачкалы Алибек Абдулназаров. Он находился в федеральном розыске за преступления в отношении сотрудников правоохранительных органов.
В ходе продолжающейся спецоперации в Махачкале на улице Магистральной были задержаны двое предполагаемых боевиков. Один из них подозревается в причастности к взрыву. Это находящийся в федеральном розыске уроженец Новороссийска, 1987 года рождения. При проведении обыска по месту его проживания в Махачкале были обнаружены экстремистская литература и множество пособий, в том числе рукописных, по изготовлению самодельных взрывных устройств.
Еще одному предполагаемому боевику удалось скрыться, когда террорист-смертник взорвал себя в кольце милицейского оцепления, выставленного в районе спецоперации.