В 1940 году его призвали в Красную армию, где он проходил службу в г. Курске (в/ч 311) в авиационной школе на складе пожарной команды, там в сентябре 1941 года его застала война, откуда С.И. Макушенко в спешном порядке был направлен на центральный фронт. Там он принял свой первый бой с фашистами. В результате тяжелых боев центральный фронт с потерями отступил до границ Воронежской области. В Воронеже Степан Исаевич получил первое ранение и месяц пролежал в госпитале. Затем командование направляет его на южный фронт в мотострелковую бригаду разведывательной дивизии.
В 1942 году форсировав реку Терек, дивизия Южного фронта закрепилась на реке Терек и заняла оборону до 1943 года. 17 июня 1943 года в ходе наступления дивизия продвинулась на 30 км.
26 июня 1943 года Степан Исаевич был вторично ранен в левую ногу и госпитализирован в г. Орел, откуда его перевели в Ростов. После лечения С.И. Макушенко перевели в г. Ленинакан. В 1943 году С.И. Макушенко комиссовали в г. Кизляр, в совхоз им. Урицкого.
В Кизляре он учился на бухгалтерских курсах. Учеба во время войны Степана Исаевича не устраивала, и он вновь подал рапорт об отправке на фронт. Но военно-врачебной комиссией в 1944 году его направили работать в транспортную милицию на ст. Кизляр в качестве милиционера. В то время начальником отдела милиции на ст. Кизляр был капитан милиции Шкавров. Под его руководством было раскрыто немало преступлений.
Так, в 1947 году орудовала преступная группа, состоящая из работников железнодорожного транспорта, в их число входили мастера, и возглавлял преступную группу главный кондуктор. У главного кондуктора имелись документы на грузы, прибывающие и следующие транзитом, и она знала, в каких вагонах находился ценный груз. Сообщала информацию о грузах мастерам, работающим по техническому осмотру и обслуживанию вагонов, которые открывали люки и грабили вагоны. Во время несения службы на посту С.И. Макушенко был замечен гражданин, который имел при себе вещи, проходившие по ориентировке как похищенные из подвижного состава, (тельняшки, продукты питания). После задержания этого гражданина была раскрыта вся цепочка причастных к преступлению лиц.
После очередного раскрытого преступления С.И. Макушенко был назначен начальником милиции ст. Артезиан. В 1948 году транспортная милиции была реорганизована, и Степан Исаевич до 1952 года работал инспектором по детской безнадзорности. После воссоздания транспортной милиции инспекция по детской безнадзорности была ликвидирована, и С.И. Макушенко назначили оперуполномоченным уголовного розыска по детской преступности с присвоением звания лейтенанта милиции.
В период службы С.И. Макушенко прошел подготовку в Новочеркасском учебном центре и по возвращении руководством был направлен на учебу в среднюю школу. По окончании средней школы г. Кизляра поступил и окончил школу милиции заочно в г. Ростове. До пенсии Степан Исаевич работал на ст. Кизляр, начальником ст. Артезиан.
Еще один пример раскрытого преступления С.И. Макушенко. Студент следовал из г. Астрахани в Кизляр, по прибытии на ст. Кизляр обнаружил, что у него нет чемодана, который находился в рундуке. Он сообщил в отдел на ст. Кизляр. Оперуполномоченный уголовного розыска С.И. Макушенко вышел на место кражи, осмотрев место, обнаружил в рундуке кусочек сыра, завернутый в газету на грузинском языке, и чабанскую шапку. После беседы с потерпевшим он и потерпевший выехали в Кочубей. В Кочубее было много чабанов и была надежда, что чабанскую шапку узнает какой-нибудь чабан. В Кочубее вместе с потерпевшим С.И. Макушенко обратился к старшему руководителю ферм Цекашвили и показал ему газету. Последний сообщил, что она из Капецкого района, и указал, как туда проехать. Навстречу ехали грузины. Макушенко, остановив машину, показал чабанскую шапку и сообщил, что их товарищ забыл и газету. Грузины узнали и шапку, и газету и указали кутан, где находится ее хозяин. Прибыв на этот кутан и зайдя в первую кошару, к удивлению, увидели чемодан потерпевшего.
Степан Исаевич Макушенко имел боевые заслуги, награжден медалью «За отвагу», орденом Отечественной войны.